El Departamento de Fruticultura y Enología fue creado en 1963, sólo un año después de que la especialidad se incorporara al curriculum del Ingeniero Agrónomo, y cuando la Facultad aún estaba alojada en la Casa Central. El director del recién creado departamento fue Alejandro Hernández (viticultor, actualmente profesor emérito), quien dio un impulso a la actividad docente y de investigación en el área, respondiendo a la demanda de la industria que en esos tiempos adquirió gran dinamismo. En un principio, con la participación de muchos profesores part-time, entre los que estuvieron Mario Espinoza y Don Goyo Rosemberg. Al poco tiempo se le unieron como profesores full-time Gonzalo Gil, Anthony Wylie y Jaime Rios, y a mediados de los 70 Luis Gurovich tras obtener su Ph. D. Instituto Tecnológico de Israel.

En 1976, cuando la Facultad se traslada al Campus San Joaquín, se inicia el Magister en Fruticultura. En 1980 se crean los servicios de análisis de vinos y foliar, a cargo del Departamento. Durante esa década también se incorporan los profesores Vesna Rojic, Ricardo Gatti, Carlos Crisosto, Fernando Ureta, Edmundo Bordeu, Phillipo Pszczólkowski, Bernardo Latorre, Jorge Pérez, Antonio Lizana y Noelle Gasman.

En las décadas de los 80 y 90, se producen algunos cambios en los profesores de jornada completa del departamento, destacándose la incorporación de Jorge Castro. Posteriormente se suman Pilar Bañados, Juan Pablo Zoffoli, Juan Ortuzar y Tania Zaviezo, quienes muy prontamente salen a cursar estudios de postgrado a Estados Unidos. A los pocos años, con sus respectivos grados académicos, se incorporan al departamento para reforzar las áreas de frutales menores, poscosecha, citricultura y entomología frutal respectivamente. De esta forma el equipo docente del departamento crece, también para hacer frente a las necesidades de la especialidad con el mayor número de alumnos de la Facultad. En la década del 2000 hay nuevas incorporaciones de profesores, gracias a la contratación de Marlene Ayala, Carlos Sotomayor, y a la migración de Doris Prehn, Claudia Bonomelli y José Antonio Alcalde desde el departamento de Recursos Naturales. Luego, con el impulso del desarrollo del mejoramiento genético frutal se incorporan Marina Gambardella y Basilio Carrasco, además del profesor Alonso Pérez que viene a reforzar el área vitícola, Johanna Martiz en frutales de hoja persistente y Consuelo Ceppi de Lecco en el área enológica.

La primera década del 2000 también se caracteriza por un fuerte impulso en la docencia de postgrado, y se reactiva el Magister Fruticultura, ahora como el área de Fisiología y Producción Frutal dentro del Magister en Ciencias Vegetales, y se crean las áreas de Fisiología y Producción Vitícola y el área de Protección Vegetal. También se unen a la investigación del Departamento varios alumnos del reciente creado Programa de Doctorado en Ciencias de la Agricultura.